Setelah melaksanakan sholat tahajud, disunnahkan untuk membaca doa. Berikut adalah doa yang biasa dibaca Rasulullah SAW setelah sholat tahajud:
اللهُمَّ لَكَ الْحَمْدُ أَنْتَ قَيمُ السَّمَوَاتِ وَالْأَرْضِ وَمَنْ فِيهِنَّ ، وَلَكَ الْحَمْدُ ، لَكَ مُلْكُ السَّمَوَاتِ وَالْأَرْضِ وَمَنْ فِيهِنَّ ، وَلَكَ الْحَمْدُ ، أَنْتَ نُورُ السَّمَوَاتِ وَالْأَرْضِ وَمَنْ فيهنَّ ، وَلَكَ الْحَمْدُ ، أَنْتَ مَلكُ السَّمَوَاتِ وَالْأَرْضِ ، وَلَكَ الْحَمْدُ ، أَنْتَ الْحَقُّ ، وَوَعْدُكَ الْحَقُّ ، وَلِقَاؤُكَ حَقٌّ ، وَقَوْلُكَ حَقٌّ وَالْجَنَّةُ حَقٌّ ، وَالنَّارُ حَقٌّ، وَالنَّبِيُّونَ حَقٌّ ، وَمُحَمَّدٌ صَلَّى اللَّهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ حَقٌّ ، وَالسَّاعَةُ حَقٌّ . اللَّهُمَّ لَكَ أَسْلَمْتُ، وَبِكَ آمنتُ ، وَعَلَيْكَ تَوَكَّلْتُ ، وَإِلَيْكَ أَتَيْتُ ، وَبِكَ خَاصَمْتُ ، وَإِلَيْكَ حَاكَمْتُ ، فَاغْفِرْ مَا قَدَّمْتُ وَمَا أَخَرْتُ ، وَمَا أَسْرَرْتُ وَمَا أَعْلَنْتُ ، أَنْتَ الْمُقَدِّمُ وَأَنْتَ الْمُؤَخِّرُ ، لَا إِلَهَ إِلَّا أَنْتَ.
Allaahumma lakalhamdu anta qayyimus samawaati wal ardhi wa man fiihinna, walakal hamdu, laka mulkus samaawaati wal ardhi wa man fiihinna, walakal hamdu, anta nuurus samaawaati wal ardhi wa man fiihinna, wa lakal hamdu, anta malikus samaawaati wal ardhi, wa lakal hamdu, antal haqqu, wawa'dukal haqqu, waliqaa uka haqqun, waqauluka haqqun, wal jannatu haqqun, wan naaru haqqun, wannabbiyuuna haqqun, wa muhammadun sallaahu 'alaihi wa sallama haqqun, wassa'atu haqqun. Allaahumma laka aslamtu, wa bika aamantu, wa'alaika tawakkaltu, wa ilaika anabtu, wabika khaashamtu, wa ilaika haakamtu, faghfir lii maa qaddamtu wamaa akhrartu, wamaa asrartu wamaa a'lantu, antal muqaddimu wa antal muakhkhiru, laa ilaaha illaa anta.
Artinya: "Ya Allah, bagi-Mu segala puji, Engkau penegak langit, bumi dan apa yang ada padanya. Bagi-Mulah segala puji, kepunyaan Engkaulah kerajaan langit, bumi, dan apa yang ada padanya. Bagi-Mulah segala puji, Engkaulah Pemberi cahaya langit dan bumi dan apa saja yang ada di dalamnya. Bagi-Mulah segala puji, Engkaulah Penguasa langit dan bumi. Bagi-Mulah segala puji, Engkaulah Yang Maha Benar, janji-Mu itu benar, bertemu dengan-Mu adalah benar, firman-Mu adalah benar, surga itu benar, neraka itu benar, para nabi itu benar, Muhammad shallallahu 'alaihi wa sallam itu benar, kiamat itu benar. Ya Allah, hanya kepada-Mulah saya berserah diri, kepada-Mulah saya beriman, kepada-Mu saya bertawakal. Kepada-Mu saya kembali, kepada-Mu saya mengadu, dan kepada-Mu saya berhukum. Maka, ampunilah dosaku yang telah lampau dan yang kemudian, yang saya sembunyikan dan yang terang-terangan. Engkaulah yang mendahulukan dan Engkaulah yang mengemudiankan. Tidak ada tuhan melainkan Engkau."
Setelah melaksanakan sholat witir yang menjadi penutup rangkaian sholat malam, disunnahkan juga untuk membaca doa berikut sebanyak tiga kali (dengan ketentuan yang ketiga dibaca dengan suara yang dikeraskan dan dipanjangkan):
سُبْحَانَ الْمَلِكِ الْقُدُّوْسِ رَبِّ الْمَلَائِكَةِ وَالرُّوْحِ
Subḥānal-malikil-quddūsi rabbil-malā'ikati war-rūḥ.
Artinya: "Maha Suci (Engkau Ya Allah), Raja Yang Maha Suci, Tuhan-nya para malaikat dan malaikat Jibril."
Doa di atas berlandaskan pada hadits riwayat an-Nasai nomor 3/244.
Berdasarkan pembahasan di atas, dapat disimpulkan bahwa terdapat perbedaan pendapat di kalangan ulama mengenai apakah sholat tahajud harus didahului dengan tidur terlebih dahulu atau tidak. Pendapat pertama yang diwakili oleh ulama-ulama seperti Ar-Rafi'i dan Imam ath-Thabari menyatakan bahwa sholat tahajud harus didahului dengan tidur, karena makna kata "tahajud" itu sendiri berarti bangun dari tidur.